Carlos V y Felipe II lograron controlar un imperio tan grande desarrollando las instituciones que habían heredado de los Reyes Católicos. Las más importantes fueron las siguientes:
- Consejos. Los Consejos eran órganos pluripersonales reducidos, a los que se encomendaba aconsejar al rey sobre el gobierno de determinados territorios o áreas temáticas y gestionar sus asuntos cotidianos. Los principales eran el Consejo de Estado, el Consejo de Hacienda, el Consejo de Castilla, el Consejo de Aragón, el Consejo de Indias o el Consejo de la Inquisición. Entre los consejeros se encontraban juristas especializados, pero la mayoría de los miembros procedían de la alta nobleza.
- Virreyes. Los virreyes eran personas a las que se encomendaba temporalmente el gobierno de cada uno de los territorios no castellanos que formaban parte de la Monarquía Hispánica (Aragón, Valencia, Nápoles, Portugal...). En esos territorios hacían las veces de reyes (el título significa vice-rey). La figura adquirió una especial importancia en América, que fue dividida en dos grandes virreinatos: Nueva España (en torno a México) y Perú.
Junto a estas instituciones fue fundamental el papel desarrollado por el ejército, cuya columna vertebral eran los famosos tercios, así como por la burocracia, una compleja red administrativa dirigida por juristas, a menudo procedentes de la pequeña nobleza y la burguesía. La cúspide de la administración la formaban los secretarios, personas de confianza del rey con el que este gestionaba los asuntos administrativos más importantes.